Lors de la saison 2006-2007, malgré l’arrivée de Mickaël Rodrigues dans le groupe, les résultats sont insatisfaisants et l’entraîneur Debord quitte son poste en février 2007. Il est remplacé par le serbe Pavlé Vostanic. Ce poste est rare dans un club dont l’équipe fanion évolue au niveau régional. Grâce à une rallonge municipale, le club préfectoral du Loir-et-Cher s’avance avec un budget colossal de 800 000 euros, soit 300 000 € de plus que Dreux. Ce dernier mène l’équipe à une neuvième place, sans vue sur une possible montée avec onze points de retard sur le premier et sept sur le barragiste. Durant la saison 2016-2017, le Blois Foot 41 se maintient, avec la huitième place du Groupe B de CFA 2, à seize points de la montée et onze du seul relégable. En 2017-2018, le « Blois Foot » dispute sa 19e saison et la huitième au niveau national après onze au niveau régional (DHR puis DH). Promu en quatrième division pour l’exercice 2005-2006, les Blésois terminent derniers du groupe C, à onze points du maintien, maillot city 2025 et retournent au cinquième échelon national.
La saison se conclut par une onzième place de CFA 2, décevante au goût de la direction avec seulement quatre points de plus que le barragiste. Sous la direction de Patrice Monteilh, l’équipe ne laisse aucune chance à ses adversaires. Les joueurs ont soit un statut de joueur amateur, soit de semi-professionnel sous contrat fédéral. Pour sa première saison, Bompastor et ses joueurs obtiennent la quatrième place de l’élite régionale. Le Blois Football 41, entraîné par Pedro Bompastor à partir de l’été 2011 tandis que Maurice Bouquet devient directeur sportif, alterne alors seconde et quatrième place cinq saisons consécutives. À l’été 2012, Yves Deroff rejoint le club après sa longue carrière professionnelle et le Blois Foot termine à nouveau second pour l’exercice 2012-2013, puis quatrième encore l’année suivante. Il quitte alors le GF38 à l’été 2007 pour rejoindre le FC Istres. C’est le meilleur buteur marocain aux grands championnats européens et le meilleur buteur de l’histoire du club français Nîmes Olympique.
Lors de cette saison 2004-2005, le club réalise aussi son meilleur parcours en Coupe de France et un seizième de finale perdu chez l’US Boulogne, pensionnaire de CFA. En 2007-2008, le Blois Foot voit le retour d’Issa Cissokho, formé au club. Il n’y aura pas de saison 2012 de 100 % foot sur M6. La saison 2019-2020 est meilleure mais est arrêtée pour cause de Pandémie de Covid-19 en France. La FFF offre une prime aux joueurs et staff de l’équipe de France pour chaque match disputé. Antonio Lorenzo, joueur emblématique de l’AAJ Blois, est présent en tant que directeur sportif au début du Blois Foot 41. Sa tâche est d’identifier des joueurs susceptibles de faire partie du projet pour monter en CFA. Les cas sont rares mais posent la question des limites physiques des joueurs avec en toile de fond l’éternel débat sur le calendrier, trop chargé. En 1993, Arsenal devient le premier club à gagner la FA Cup et la League Cup la même saison, en battant Sheffield Wednesday lors des deux finales, sur le même score (2-1). Liverpool (2001 et 2022) et Chelsea (2007) sont eux aussi parvenu à reproduire cet exploit.
En 2016 l’EPFA Champions Cup se déroule au Danemark à Hou. Dans nombre de pays d’Amérique latine, les championnats se tiennent selon la formule d’ouverture et de clôture sacrant deux champions chaque année. Malgré un nombre important de saisons passées en DH (huit), le club butte toujours sur la seconde place d’où des statistiques très favorables sans pour autant être promu en division supérieure. Construit dans les années 1970 pour les matchs de seconde division de l’AAJ Blois, le Blois Football 41 hérite du stade des Allées lors de la fusion. Article détaillé : stade municipal des Allées Jean Leroi. ». À l’époque, les journalistes dans le stade ne disposaient pas des ralentis et n’ont pu réagir dans l’édition du jour à l’agression du gardien allemand. Le stade accueille aussi des rencontres internationales jeunes. Depuis 2013, le Blois Football 41 est partenaire de l’AS Saint-Étienne et lui envoie ses meilleurs jeunes. L’équipe de Tunisie des moins de 20 ans est une sélection des meilleurs jeunes footballeurs tunisiens de moins de 20 ans, constituée sous l’égide de la Fédération tunisienne de football.
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